Okupacijos laikotarpis

I pasaulinio karo metu seminarijos rūmus užėmė vokiečių kariuomenė ir pavertė juos karo ligonine. 1914 m. spalio 30 d. perkelta į Vašuokėnų dvarą Troškūnų valsčiuje.

Lietuvai atgavus nepriklausomybę, 1918 m. seminarija grįžo į Kauną. 1922 m. joje buvo 6 kursai: I ir II – filosofiniai, III-VI – teologiniai. Nuo 1922 m., Lietuvos universitete Kaune įsteigus Teologijos-filosofijos fakultetą, KKS buvo sujungta su universiteto Teologijos-filosofijos fakultetu. Šis fakultetas subūrė stipriausias katalikų mokslininkų pajėgas. Fakulteto dėstytojų branduolį sudarė dekanas P. Būčys, J. Mačiulis-Maironis, B. Čėsnys, A. Grigaitis, K. Šaulys ir kiti. Į Teologijos-filosofijos fakultetą studentus traukė garsios to meto Lietuvoje asmenybės – P. Dovydaitis, M. Reinys, S. Šalkauskis, P. Kuraitis, L. Bistras, V. Mykolaitis-Putinas. Fakultetas sutelkė ir išugdė visą būrį katalikų mokslininkų: arkivyskupą J. Skvirecką, J. Eretą, A. Vaičiulaitį, A. Alekną, J. Totoraitį, Z. Ivinskį, P. Dielininkaitį ir daug kitų, palikusių ryškų pėdsaką moksle, mene, visuomeniniame ir politiniame gyvenime. 1927-1940 m.m. Filosofijos skyriuje daktaro laipsnius gavo J. Grinius, A. Kučinskas, A. Maceina, P. Mantvydas ir J. Matusas.

Nuo 1926 m., įsteigus Lietuvos bažnytinę provinciją, KKS mokėsi Telšių, Panevėžio ir Kaišiadorių vyskupijų klierikai. 1938 m. liepos 2 d. popiežius Pijus XI raštu KKS nustatė naują valdymo tvarką ir pavadino ją tarpdiecezine. Nuo 1926 m. iki 1940 m. KKS turėjo 3 078 auklėtinius. Vidutiniškai 205 klierikai kasmet.

1934 m. buvo pastatyti nauji seminarijos rūmai. Seminarija turėjo vertingą apie 90 000 tomų biblioteką. Prie seminarijos 1935 m. įkurtas bažnytinio meno muziejus, kuriam pastatytos specialios patalpos kartu su rektoratu.