Įvedant krikščionybę, taip pat ir pirmaisiais XV a. dešimtmečiais pastoracinį darbą Lietuvoje dirbo daugiausia svetimšaliai kunigai. Radikaliai kunigų rengimą pertvarkė Tridento Susirinkimas, 1563 m. XXIII sesijoje paskelbęs nutarimą, kad prie visų katedrų ir metropolinių bažnyčių būtų įsteigtos seminarijos, kuriose būtų ugdomi kunigais tapti pasiryžę vyrai. Į Tridento Susirinkimo raginimą pirmasis Lietuvoje atsiliepė Žemaičių vyskupas Jurgis Petkūnas, testamentu palikęs nemažą pinigų sumą kunigams rengti Vilniaus jėzuitų kolegijoje. 

Nepriklausomybės metai

I pasaulinio karo metu seminarijos rūmus užėmė vokiečių  kariuomenė ir pavertė juos karo ligonine. 1914 m. spalio 30 d. perkelta į  Vašuokėnų dvarą Troškūnų valsčiuje.

Okupacijos laikotarpis

Sovietų  Sąjungai 1940 m. birželio 15 d. okupavus Lietuvą, uždarytas Vytauto  Didžiojo universitetas. 1941 m. sausio 12 d. visos KKS patalpos buvo  atimtos. Tuomet mokytasi bažnyčiose ar privačiuose namuose. Prasidėjus  karui ir vokiečiams okupavus Lietuvą, KKS, nepatirdama didesnių  trukdymų, veikė visą okupacijos laikotarpį. Vokiečių valdžia grąžino  seminarijai sovietų valdžios atimtus pastatus ir ūkį.

Seminarijos  pastatai gražiai suremontuoti ir aplinka sutvarkyta popiežiaus Jono  Pauliaus II vizito išvakarėse. Šis vizitas buvo ypatingas istorinis  įvykis Kauno tarpdiecezinei kunigų seminarijai. Seminariją aplankė  Katalikiškųjų studijų kongregacijos prefektas kardinolas Pio Laghi ir  Kelno arkivyskupas kardinolas J. Meisneris.

Švč. Trejybės bažnyčia

Bernardinių vienuolyno Švč. Trejybės titulo bažnyčia pastatyta 1624 -1634 metais Rotušės aikštės šiaurės vakarų kampe. Ji priklausė bernardinių vienuolynui. Seserys bernardinės Kaune įsikūrė XVI a., įsigijo Karaliaus Dvaro gatvėje medinį namą ir gyveno jame be klauzūros. Minsko vaivada kunigaikštis Aleksandras Masalskis, dukrai įstojus į Kauno vienuolyną, nupirko Kauno miesto kvartalą prie Rotušės aikštės, ribojamą Karaliaus Dvaro, Papilio, Neries gatvelių. Ten esančius namus nugriovė, jų sienas įjungdamas į naujai statomos bažnyčios ir vienuolyno sienas. Teritoriją aptvėrė aukšta mūro tvora.