Ištakos

Įvedant krikščionybę, taip pat ir pirmaisiais XV a. dešimtmečiais pastoracinį darbą Lietuvoje dirbo daugiausia svetimšaliai kunigai. Radikaliai kunigų rengimą pertvarkė Tridento Susirinkimas, 1563 m. XXIII sesijoje paskelbęs nutarimą, kad prie visų katedrų ir metropolinių bažnyčių būtų įsteigtos seminarijos, kuriose būtų ugdomi kunigais tapti pasiryžę vyrai. Į Tridento Susirinkimo raginimą pirmasis Lietuvoje atsiliepė Žemaičių vyskupas Jurgis Petkūnas, testamentu palikęs nemažą pinigų sumą kunigams rengti Vilniaus jėzuitų kolegijoje.

1622 m. vyskupas S. Kiška klierikus iš Vilniaus perkėlė į Varnius, į prie katedros pastatytus seminarijos namus. Nuo 1628 m. iki 1744 m. Varnių seminarija buvo Kražiuose. Naujus gražius medinius seminarijos namus, į kuriuos vėl buvo perkelti klierikai, Varniuose apie 1744 m. pastatė vyskupas A.Tiškevičius.

1845 m. seminarijos rektoriumi paskirtas teologijos daktaras kunigas Motiejus Valančius, 1850 m. konsekruotas vyskupu. Jis seminarijoje įvedė lietuvių kalbą. Žemaičių kunigų seminariją baigė M. Valančius, A. Mackevičius, A. Strazdas, A. Vienažindys, A. Baranauskas.
Numalšinusi 1863 metų sukilimą, caro valdžia laikotarpyje nuo 1864 m. iki 1866 m. vyskupą M. Valančių, vyskupijos įstaigas ir Varnių kunigų seminariją perkėlė į Kauną. Seminarijai atiduoti buvusieji bernardinų vienuolyno rūmai ir šv. Jurgio bažnyčia. Seminarijos rektoriais yra buvę: Jeronimas Račkauskas, Gasparas Cirtautas, Antanas Karosas, Jonas Mačiulis-Maironis. Klierikų skaičius iki 1870 m. buvo ribotas: nuo 1863 m. iki 1870 m. rusų valdžia neleido priimti naujų kandidatų, baigusiems trukdė gauti šventimus.

Lietuvių klierikų tautinį sąmoningumą seminarijoje žadino kunigas Antanas Baranauskas, pradėjęs dėstyti lietuvių kalbą. Tėvynės istorija nejučiomis ugdė lietuvišką savimonę. Atostogų metu klierikai platino lietuvišką spaudą. 1884 m. jie, Aleksandro Dambrausko vadovaujami, pradėjo leisti laikraštėlį “Lietuva”, tačiau, išėjus trims ar keturiems numeriams, seminarijos vadovybė per inspektorių A. Baranauską laikraštėlio leidimą sustabdė, nenorėdama užsitraukti rusų valdžios persekiojimų. 1888-1890 m.m. seminarijoje veikė slapta lietuvių klierikų organizacija – Lietuvos mylėtojų draugija, – kurios iniciatoriumi buvo klierikas Juozas Tumas. 1889 m. ji persitvarkė į šv. Kazimiero draugiją. 1892 m. rugpjūčio 12 d. seminarijos profesoriumi paskirtas Maironis. Jo įtaka lietuvybei žadinti, kaip savo atsiminimuose teigė arkivyskupas J. Skvireckas, buvusi tiesiog milžiniška. Maironiui išvykus profesoriauti į Petrapilį, jo darbą tęsė iš tremties grįžęs kunigas Aleksandras Dambrauskas, 1897 m. paskirtas seminarijos kapelionu. Gyvai reiškėsi slaptasis klierikų būrelis, šv. Tomo draugija, ypač daug rūpinęsi lietuviškos religinės literatūros spausdinimu. Galutinai seminarija sulietuvėjo, seminarijos vairą 1909 m. perėmus Jonui Mačiuliui-Maironiui. KKS 1911 m. jau mokėsi 139 auklėtiniai.