Ištakos
Įvedant krikščionybę, taip pat ir pirmaisiais XV a. dešimtmečiais pastoracinį darbą Lietuvoje dirbo daugiausia svetimšaliai kunigai. Radikaliai kunigų rengimą pertvarkė Tridento Susirinkimas, 1563 m. XXIII sesijoje paskelbęs nutarimą, kad prie visų katedrų ir metropolinių bažnyčių būtų įsteigtos seminarijos, kuriose būtų ugdomi kunigais tapti pasiryžę vyrai. Į Tridento Susirinkimo raginimą pirmasis Lietuvoje atsiliepė Žemaičių vyskupas Jurgis Petkūnas, testamentu palikęs nemažą pinigų sumą kunigams rengti Vilniaus jėzuitų kolegijoje.
Nepriklausomybės metai
I pasaulinio karo metu seminarijos rūmus užėmė vokiečių kariuomenė ir pavertė juos karo ligonine. 1914 m. spalio 30 d. perkelta į Vašuokėnų dvarą Troškūnų valsčiuje.
Okupacijos laikotarpis
Sovietų Sąjungai 1940 m. birželio 15 d. okupavus Lietuvą, uždarytas Vytauto Didžiojo universitetas. 1941 m. sausio 12 d. visos KKS patalpos buvo atimtos. Tuomet mokytasi bažnyčiose ar privačiuose namuose. Prasidėjus karui ir vokiečiams okupavus Lietuvą, KKS, nepatirdama didesnių trukdymų, veikė visą okupacijos laikotarpį. Vokiečių valdžia grąžino seminarijai sovietų valdžios atimtus pastatus ir ūkį.
Dabartis
Seminarijos pastatai gražiai suremontuoti ir aplinka sutvarkyta popiežiaus Jono Pauliaus II vizito išvakarėse. Šis vizitas buvo ypatingas istorinis įvykis Kauno tarpdiecezinei kunigų seminarijai. Seminariją aplankė Katalikiškųjų studijų kongregacijos prefektas kardinolas Pio Laghi ir Kelno arkivyskupas kardinolas J. Meisneris.
Kun. Jonas Juraitis
Gimė 1926 05 12 Boblaukio kaime (Alvito valsčius). Mirė 2010 10 30 Termen (Valais kantonas, Šveicarija) Lietuvių ir Šveicarijos katalikų kunigas. Habilituotas daktaras (teol. m., 1955). Studijavo Romoje, Grigaliaus universiteto Filosofijos (1945–47) ir Teologijos (1947–53) fakultetuose. 1950 Romoje įšventintas kunigu, dirbo įvairiose parapijose Šveicarijoje. Gimė 1926 05 12 Boblaukio kaime (Alvito vlsč.)
Mirė 2010 10 30 Termen (Valais kantonas, Šveicarija) Lietuvių ir Šveicarijos katalikų kunigas.
Habilituotas daktaras (teol. m., 1955). 1950 Romoje įšventintas kunigu, dirbo įvairiose parapijose Šveicarijoje.
Švč. Trejybės bažnyčia
Bernardinių vienuolyno Švč. Trejybės titulo bažnyčia pastatyta 1624 -1634 metais Rotušės aikštės šiaurės vakarų kampe. Ji priklausė bernardinių vienuolynui. Seserys bernardinės Kaune įsikūrė XVI a., įsigijo Karaliaus Dvaro gatvėje medinį namą ir gyveno jame be klauzūros. Minsko vaivada kunigaikštis Aleksandras Masalskis, dukrai įstojus į Kauno vienuolyną, nupirko Kauno miesto kvartalą prie Rotušės aikštės, ribojamą Karaliaus Dvaro, Papilio, Neries gatvelių. Ten esančius namus nugriovė, jų sienas įjungdamas į naujai statomos bažnyčios ir vienuolyno sienas. Teritoriją aptvėrė aukšta mūro tvora.